יחידת המתפ"ש (מתאם פעולות הממשלה בשטחים) אמונה על מימוש ותפעול המדיניות האזרחית בשטחי יהודה ושומרון, לאוכלוסייה היהודית ולאוכלוסייה הפלסטינית. החיילת במסלול זה תעבור הכשרת קצונה ותעסוק במספר נושאים ובהם למידת השפה הערבית, הסכסוך הישראלי-פלסטיני, הקהילה הבין לאומית ועבודה מול גורמי ביטחון שונים. התפקיד מחייב שירות קבע.
השירות בבסיסי היחידה באזור יהודה ושומרון, רצועת עזה, בסיס הקריה בתל אביב ומחנה גדעונים. בסיס פתוח/סגור.